真空冷冻干燥机（也称为冻干机、真空冷冻干燥机）适用于高档原料药，中药饮片，生物，野生蔬菜，脱水蔬菜、食品、水果、化工、药物中间体等物料的干燥。
（1）在生物制品方面的应用
a.活菌菌苗。例如卡介苗、流脑菌苗、结核菌苗、口服痢疾活菌苗、沙门氏菌、链球菌等。
b.火毒疫苗。例如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬疫苗、鸡瘟疫苗等。
c.其它生物制品、生化药品。乙肝表面抗原诊断雪球、人白细胞干扰素、辅酶A（CoA）、三磷酸腺苷（ATP）、尿激酶等。
（2）在西药生产中的应用
多为针剂，以抗生素药、循环器官用药、中枢神经用药、维生素类和肿瘤药物为多。例如氨苄青霉素、利菌沙(琥乙红霉素片)等。
（3）在中药生产中的应用
近几年开始用冻干法加工中成药，将配制好的中成药，经过浸渍、提取、过滤、浓缩、冻干后再制成粉剂、片或针剂。
4）医疗方面的应用
利用冻干技术可以长期保存血液、动脉、骨骼、皮肤、角膜和神经组织等各种器官。冻干时细胞未被破坏，复水后生物体又能复活。例如冻干骨骼可以储存在室温或冰箱内长达2年。
（5）食品方面的应用：
a.烹饪原料：肉、蛋、鱼、蔬菜等。
b.食品工业用原料：奶粉、蛋粉、植物蛋白粉、茶叶、干果、肉粉、豆粉等。
c.饮料类：咖啡、果珍等。
d.补品类：花粉、蜂雏粉、鳖粉等。
（6）其它应用：
a、微生物和藻类方面：如各种细菌、酵母、酵素、原生动物、微细藻类等的长期保存。
b、生物标本、生物组织方面：如制作各种动植物标本，干燥保存用于动物异种或同种移植的皮肤、骨骼、主动脉、心瓣膜等边缘组织。
c、制作用于光学显微镜、电子扫描和透射显微镜的小组织片。
d、食品的干燥方面：如咖啡、茶叶、肉鱼蛋类、海藻、水果、蔬菜、调料、豆腐、方便食品等。
e、高级营养品及中草药方面：如蜂王浆、蜂蜜、花粉、中草药制剂等。
f、超细微粉的制备方面：如制取Al2O3、ZrO2、TiO2、Ba2Cu3O7～8、Ba2Ti9O20等超细微粉。
g、其他方面：如化工中的催化剂，冻干后可提高催化效率5～20倍；将植物叶子、土壤冻干保存，用以研究土壤、肥料、气候对植物生长的影响及因子的作用；潮湿的木制文物、淹坏的书籍稿件等用冻干法干燥。
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